PSDF biudžetas kasmet tvirtinamas atskiru įstatymu. PSDF biudžetą rengia ir vykdo Valstybinė ligonių kasa prie Sveikatos apsaugos ministerijos (VLK). Pajamas sudaro privalomojo sveikatos draudimo įmokos, valstybės biudžeto įmokos, mokamos už apdraustuosius, draudžiamus valstybės lėšomis, ir kitos pajamos. Išlaidos skiriamos apmokėti už apdraustųjų asmenų sveikatos priežiūros paslaugas, vaistus ir medicinos priemones.
